人類在建港、填海、挖沙、疏浚、傾廢、圍墾、運動（游泳、帆船、滑水等）、旅游、航運、管線鋪設等活動，而且對主要海洋生態可能有較大影響時，應進行海洋生態調查，調查要素主要包括位置、數量、規模、建設和營運情況，對海洋生物的影響程度等方面。

海洋生態調查分析通常包含以下內容：

1.生物量評價
評價對象：包括微生物、浮游植物群落、浮游動物群落、游泳動物群落、底棲生物群落、潮間帶生物群落和污損生物群落等。

2.優勢種評價
評價對象：包括浮游植物群落、浮游動物群落、游泳動物群落、底棲生物群落、潮間帶生物群落和污損生物群落等。

3.指示種評價
評價對象包括浮游植物群落、浮游動物群落、游泳動物群落、底棲生物群落、潮間帶生物群落和污損生物群落等。

4.關鍵種評價
評價對象為海洋食物網，包括浮游食物網、高營養階層食物網、底棲碎屑食物網等。

5.物種多樣性評價
評價對象：包括浮游植物群落、浮游動物群落、游泳動物群落、底棲生物群落、潮間帶生物群落等。

 海洋生態調查主要項目和內容有：魚類回避反應試驗 、葉綠素-α 、細菌總數 、生物毒性試驗浮游生物 、浮游動物、 糞大腸菌群 、大型底棲生物、赤潮毒素、 潮間帶生物等。   

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