市政乙級軌道交通工程專業(yè)承包資質申請的難點主要包括以下幾個方面：

1. **技術力量要求高**：
   - 難點：軌道交通工程具有高度的技術密集性和復雜性，需要企業(yè)具備一定數(shù)量且技術水平較高的專業(yè)技術人才，如注冊建造師（市政公用工程或機電安裝工程專業(yè)）、**工程師以及相關專業(yè)的中級職稱技術人員。
   - 對策：積極引進和培養(yǎng)技術人才，提供持續(xù)的專業(yè)培訓，確保人員配置滿足資質標準，并保留完整的勞動合同、社保繳納證明等材料。

2. **設備設施齊全****：
   - 難點：軌道交通工程施工需要用到大量專業(yè)且**的機械設備，對企業(yè)的設備投資和技術裝備水平有較高要求。
   - 對策：合理規(guī)劃和投入購置或租賃必要的施工設備，確保能夠獨立完成中型及以下規(guī)模的軌道交通工程項目，并形成清晰的設備清單和采購記錄。

3. **項目業(yè)績積累**：
   - 難點：申報資質往往需要企業(yè)提供一定的項目業(yè)績作為能力證明，而軌道交通工程項目的獲取和實施通常競爭激烈，不易取得。
   - 對策：積極參與各類招投標活動，通過合作或分包形式參與軌道交通工程項目，逐步積累有效業(yè)績。同時，妥善保存并整理好中標通知書、合同協(xié)議書、竣工驗收報告等相關資料。

4. **質量管理體系與安全規(guī)范**：
   - 難點：建立完善的質量管理體系并通過認證，同時在施工過程中嚴格遵守安全生產(chǎn)法規(guī)，是資質申報的重要條件之一。
   - 對策：引入ISO 9001質量管理體系，建立健全安全生產(chǎn)責任制，定期進行內部審核和外部評審，確保體系運行的有效性，并及時更新和完善規(guī)章制度。

5. **資金實力與信用狀況**：
   - 難點：企業(yè)在注冊資本、凈資產(chǎn)等方面需達到一定的財務指標，并保持良好的信用記錄。
   - 對策：合理安排公司運營和資本結構，確保達到資質規(guī)定的**注冊資本和凈資產(chǎn)要求，同時注重維護企業(yè)信用，避免發(fā)生不良信用事件。

總結來說，面對以上這些難點，企業(yè)應采取積極主動的策略，從人才培養(yǎng)、設備采購、項目經(jīng)驗積累、質量安全管理以及財務管理等多個維度全面提升自身實力，以順利申請到市政乙級軌道交通工程專業(yè)承包資質。同時，關注國家及地方政策動態(tài)，嚴格按照**的資質管理規(guī)定進行申報準備。