厭氧反應器的原理是利用微生物的代謝作用分解有機物，生成甲烷氣等可再生能源，同時還可以消化臭氧、工業廢水等有機廢物。在厭氧反應器中，微生物主要分為兩類：產甲烷菌和消化細菌。產甲烷菌負責將有機物轉化為甲烷氣，而消化細菌則負責將有機物分解為更小的分子，以便于甲烷生成。通常，一種良好的微生物群落可以同時固定有機物、去除氮磷、抑制病原菌，從而獲得高度的有機廢物消化和生態效益。