一、ISO9001質量管理體系、ISO14001環(huán)境管理體系和ISO45001職業(yè)健康安全管理體系三體系標準均有對內部審核的要求，但規(guī)定不。
二、內部審核時間的規(guī)定不一樣：ISO9001質量管理體系標準要求按策劃時間間隔；ISO14001環(huán)境管理體系標準要求按計劃的時間間隔；ISO45001職業(yè)健康安全管理體系標準要求定期開展職業(yè)健康安全管理體系審核，因此，應明確審核的周期。
三、三個體系的要求不同。質量體系要滿足質量管理和對顧客滿意的要求，環(huán)境管理體系要服從眾多相關方的需求，特別是法規(guī)的要求，職業(yè)健康安全管理體系關注組織內部員工的人身權利。 ISO9000標準是對顧客承諾；ISO14000標準是對**、社會和眾多相關方（包括股東、保險公司等等）承諾；ISO45001是對員工及社會等相關方承諾。
以上就是ISO三體系認證的區(qū)別，正是因為三體系認證的重點不一樣，對于企業(yè)意義重點也不一樣。企業(yè)申請ISO三體系的效益如下：
1、質量管理體系：穩(wěn)定服務質量，減少客戶投訴，為客戶和潛在的客戶提供信心，提高企業(yè)信譽，直接有利于拓展市場。
2、環(huán)境管理體系：節(jié)約能源資源，降低企業(yè)各種管理成本和損失成本；持續(xù)達到排放、減少排污費用，提高效益，提高市場競爭力，為保護環(huán)境作貢獻。
3、職業(yè)健康安全管理體系：提升公司的企業(yè)形象；增強公司凝聚力；減少企業(yè)經(jīng)營的職業(yè)安全衛(wèi)生風險，達到企業(yè)永續(xù)經(jīng)營；進行內部管理改善，避免職業(yè)安全衛(wèi)生問題所造成的直接/間接損失；善盡企業(yè)的國際/社會責任；順應國際貿易的新潮流，突破貿易壁壘。
ISO三體系是企業(yè)的萬金油，各行各業(yè)的招投標都需要ISO三體系資質證書，企業(yè)如未申請ISO三體系證書，盡快申請，以備將來之需。